Nintendo confirme la présence de plusieurs niveaux de difficulté et d'options de personnalisation poussées pour Metroid Prime 4: Beyond  (Switch 2, Switch) . Les modes « Facile » et « Normal » sont disponibles dès le début du jeu. Terminer la campagne en mode « Normal » débloque le mode « Difficile ». Le mode « Facile » réduit les points de vie des ennemis et les dégâts subis. Les deux modes de départ proposent un réapprovisionnement automatique d'énergie et de munitions aux points de sauvegarde.

De plus, Nintendo a intégré de nombreuses options de personnalisation : sensibilité des commandes, visée libre, fonctions du gyroscope et vitesse de réponse de la souris sont réglables. Parmi les autres paramètres, on retrouve les sous-titres, les mouvements de la visière, la luminosité et des réglages de volume séparés pour les voix, la musique et les effets sonores.