Les frères Elric sont maintenant de retour à Central City, mais pas seuls. Winry leur amie est toujours présente, et le mystérieux Lin également. Central City a quelque peu changé depuis leur départ, et une sombre machination semble se préparer dans l'armée. Pourtant tout n'est perdu, le colonel Mustang et ses troupes décident d'enqueter et de chercher la vérité. Pourtant la route s'annonce délicate et ils pourraient en faire les frais. Cela sera également l'occasion de faire de nouvelles rencontres ainsi que de retrouver certains disparus. Quelle est donc cette personne au cimetière qui est sur la tombe de la mère d'Edward ?