Nintendo enquête actuellement sur un bug important affectant Yoshi and the Mysterious Book. Dans certaines conditions, ce bug peut bloquer complètement la progression du jeu. Selon l'entreprise, le problème survient lorsque les joueurs commencent à enquêter sur l'« Oiseau de Paradis » avant que l'explication du Système d'Index ne soit débloquée et se retrouvent ensuite bloqués sur la page de l'Index.

Cette explication n'est débloquée qu'après avoir terminé quatre chapitres. Nintendo travaille déjà sur une mise à jour corrective et a annoncé que de plus amples informations seront communiquées prochainement.