A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 12 tomes au Japon, et est toujours en cours.  Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Touma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé.

Décidément, le 31 août n’est pas une journée de tout repos ! Alors que Tôma tente désespérément de finir ses devoirs en cette veille de rentrée, le destin semble s’acharner sur lui une fois de plus : sans cesse interrompu, il se retrouve obligé d’affronter deux nouveaux ennemis. Et si le premier s’intéresse à Mikoto d’un peu trop près, le second, quant à lui, n’hésite pas à enlever Index ! Mais le lycéen n’est pas le seul à avoir des ennuis. Accelerator, qui est devenu la cible de nombreuses attaques depuis sa défaite, voit débarquer chez lui l’une des sisters. Nom de code : Last Order. L'heure de la rentrée est sur le point de sonner, et Tôma parvient finalement à revenir chez lui avant le début des cours. Pourtant, une nouvelle menace est sur le point de pénétrer dans la Cité Académique : En rentrant du lycée, Tôma découvre qu’Index a été enlevée ! Le mystérieux kidnappeur a laissé un message, et donne rendez-vous au jeune homme à l’extérieur de la Cité Académique, dans un vieux cinéma désaffecté. Bien décidé à tirer la pauvre nonne de ce mauvais pas, Tôma se rend sur les lieux, sans se douter que d’anciennes connaissances l’y attendent de pied ferme ...