Nintendo a procédé à une mise à jour du Pokédex 3D. Il y a désormais un bouton de pause sur chaque fiche de Pokémon, une note musicale apparait dans la visionneuse AR (même si vous n'avez pas les 30 stickers exigés), la fonctionnalité SD Card permettant de modifier le décor de l'application (qui demandait 50 stickers) est ouverte à tous, et il y a également trois nouvelles fonctionnalités AR (alors qu'auparavant il fallait 100 stickers pour les découvrir).