Retenu prisonnier dans une commanderie templière moderne qui offre tous les aspects du laboratoire expérimental haut de gamme, Desmond Miles est soumis à une série de tests censés permettre à de mystérieux observateurs de décrypter le précieux héritage dont il est dépositaire, sans le savoir. Grâce à l’ "animus", une machine extrêmement sophistiquée qui permet à ses utilisateurs de visionner le passé en utilisant la mémoire génétique du sujet, on assiste « en direct » aux missions mouvementées d’Aquilus, mercenaire romain du IIIe siècle, d’Altaïr, disciple d’Al Mualim au XIIe siècle, et enfin d’Ezio, l’assassin de la Renaissance, tous étant de lointains ancêtres de Desmond Miles. Défiant le temps et la science, les missions successives de ces générations d’assassins offrent toujours plus de renseignements à leurs adversaires. Grâce à la complicité de Lucy, membre de la secte des assassins infiltrée chez les templiers, Desmond Miles parvient toutefois à échapper à ses geôliers. Au terme de sa fuite, Desmond découvrira que ses « alliés » comptent dans leur rang un certain « patient 16 » dont il vaut mieux se tenir éloigné…

Desmond ayant quitté les lieux,  un autre membre de la confrérie des assassins récupère le dossier 24, c'est à dire récupérer le Fragment d'Eden correspondant. Jonathan Hawk va pouvoir mener l'enquête en 1257, en Égypte, en replongeant dans son ancêtre El Cakr Hawk. Le voyage ne sera pas de tout repos, car dans la réalité, les templiers convoitent également cet objet, quel qu'en soit le moyen. Très éprouvé par ces voyages dans sa mémoire génétique, Jonathan risque d'y laisser sa santé, d'autant plus que, à l'instar des hommes du passé, les dangers s'accumulent autour de lui ...