D’après les comic books à succès, Wolverine, le personnage le plus emblématique de l’univers des X-Men, est entraîné dans une aventure ultime au cœur du Japon contemporain. L'intrigue prend place sept ans après X-Men : L'Affrontement final. Plongé dans un monde qu’il ne connaît pas, il doit faire face au seul ennemi de son envergure, dans une bataille à la vie à la mort qui le changera à jamais. Vulnérable pour la première fois et poussé au bout de ses limites physiques et émotionnelles, il affrontera non seulement l’acier mortel du samouraï mais aussi les questions liées à sa propre immortalité, émergeant encore plus puissant que jamais

Wolverine recroise un vieil ami, perd son pouvoir de régénération, son ami meurt (en fait non, évidemment) et revient sous la forme d'un samouraï d'argent, puis Logan doit récupérer ses pouvoirs ainsi que la fille de son vieil ami. L'histoire manque un peu d'explication pour le grand public, car de nombreux personnages sont présents et il est donc difficile de les présenter à leurs justes valeurs.  La majorité des spectateurs ne comprendra pas quels sont les objectifs des forces en présence et l'intrigue laissera perplexe à plusieurs reprises. Les fans des X-Men seront quelque peu frustrés devant ce canevas pas toujours très fidèle aux Marvel Comics, cela étant, ce fil décousu apparaîtra moyennement gênant pour qui est venu voir le film comme un simple divertissement. Hugh Jackman s’en sort assez bien, armé de ses griffes et de punchlines, difficile de jouer autre chose que les traits caricaturaux (caractériels) de son personnage, l’ensemble ne le faisant que très peu évoluer entre le début et la fin du film. Une rédemption qu’on voit venir à des kilomètres illustre à elle seule le peu d’enjeu du scénario.