Le seigneur Tokugawa Ieyasu, dans l’incapacité de décider de son héritier parmi ses deux fils, va se livrer à un concours atypique pour les départager : demander aux deux puissants clans ninja, Koga et Iga, chacun représentant l’un de ses fils, de s’affronter jusqu’à la mort. Les deux chefs de clans, rivaux mais liés par un pacte de non-agression, sont ravis de cette nouvelle et se préparent à une grande guerre entre ninjas. Problème, les héritiers de chaque clan, Gennosuka de Koga et Oboro d’Iga s’aiment d’un amour profond et souhaient se marier. Commence alors la plus amère et la plus dramatique des batailles.

Basilisk s'inspire de l'univers des ninjas pour nous livrer une aventure pour le moins sombre et violente, et qui s'avère très intéressante à suivre. Cet amour impossible entre Gennosuka et Oboro risquent de leur couter cher ...