Metaphor : ReFantazio d'Atlus offre aux joueurs beaucoup plus de liberté que ses prédécesseurs. C'est pourquoi vous ne pouvez pas explorer tous les donjons si vous ne jouez qu'une seule fois au jeu. C'est ce qu'a déclaré Katsura Hashino, réalisateur de Persona et Shin Megami Tensei,. Semblable à Persona, il existe de nombreux donjons à explorer. Mais en revanche, dans Metaphor : ReFantazio, ils ne sont pas si linéaires. Selon Hashino, dans Metaphor : ReFantazio, les joueurs ont plus de liberté pour choisir comment et où ils souhaitent progresser.

Il compare l'expérience de jeu à un voyage de vacances où vous avez plusieurs destinations mais ne pouvez pas toutes les visiter en même temps : « Vous partez en vacances dans une ville et avez noté dans votre carnet de voyage 10 endroits que vous aimeriez visiter. Certaines d'entre elles peuvent vous prendre deux jours, d'autres simplement une demi-journée. Mais vous ne pouvez pas tout faire en même temps. C'est exactement comme ça dans Metaphor: ReFantazio , où vous ne pouvez pas tout faire dès la première partie."