Dans l'intimité de Marie (Boku wa Mari no Naka) est un seinen encore en cours de parution et qui a connu six tomes à ce jour au Japon aux éditions Futabasha. Isao Komori est un jeune étudiant qui a quitté sa province pour faire ses études à Tokyo. Cela fait déjà trois ans qu'il est en faculté, et il n'a jamais réussi à s'intégrer aux autres, au point de n'avoir aujourd'hui aucun ami. Un jour, il décide de ne plus aller à la fac et passe depuis toutes ses journées cloîtré chez lui, dans un terrifiant bordel ambiant, à jouer devant l'ordinateur. Son seul petit plaisir quotidien est de se rendre à la supérette du quartier à 21h, pour admirer Marie, une lycéenne qui vient y acheter une tablette de chocolat et une bouteille d'eau tous les soirs. Un jour, il décide de la suivre, éventuellement pour tenter de l'aborder, mais un étrange événement se produit. Alors que l'adolescente croise son regard, Isao se réveille alors. Aurait-il rêvé ? Pas vraiment. Sans savoir pourquoi, il se retrouve dans le corps de Marie. Son quotidien est alors bouleversé. Comment va t-il pouvoir tenir ce rôle auprès des parents de Marie ? Qu'en sera t-il au lycée où la jeune fille est très populaire ? Et surtout, où est passé l'âme de Marie ? Curieux, il décide d'aller rendre visite à l'autre Isao pour voir si Marie a pris sa place. Il n'en est rien. Isao agit comme il l'a toujours été. Mais entre les réalités féminines (notamment les menstruations) ou encore les regards trop insistants de certains hommes, Isao a bien du mal à conserver son sang froid.

Alors que tout semble perdu, Isao a brutalement une vision de Marie alors qu'il a finalement cédé à la tentation de son corps de fille (voir tome 4). Une révélation qu'il ne manquera pas d'avouer à  Yori qui accepte très mal la situation. Petit à petit, les relations autour de Marie vont se briser, Isao ayant de plus de plus de difficulté à tenir la stature de la jeune femme, même au sein de sa famille. Pourtant, à force de la surveiller, Yori finit par se rapprocher d'elle et certains souvenirs propres à Marie (donc avant qu'Isao ne se retrouve dans son corps) refont surface. Marie sera t-elle encore présente dans son enveloppe charnelle, endormie quelque part ? Isao - toujours aussi perdu - se rapproche dangereusement de son autre lui même, au point de se retrouver dans une situation pour le moins gênante. Dans l'intimité de Marie affiche une tournure science-fiction plutôt inattendue et une ambiance relativement pesante. Contrairement à ce que l'on aurait pu penser, il ne s'agit pas d'un shojo, mais plutôt d'un seinen, avec un trait graphique plus sombre et davantage réaliste. Le lecteur ne manquera pas de se questionner sur la direction que va prendre l'histoire, surtout que le problème identitaire d'Isao est de plus en plus visible ...