Il y a quinze ans de cela, après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues se sont transformées en tortues géantes, tandis que leur propriétaire prenait pour sa part l'apparence d'un rat. Reclus depuis dans les canalisations new-yorkaises, Maître Splinter a formé Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphaël, aux techniques des guerriers ninjas, afin d'affronter les rues dangereuses de Manhattan. Cependant, les Tortues Ninja n'ont encore jamais quitté leur repaire,  et déguster les merveilleuses pizzas si populaire à la saga. Apparu à la fin des années 1990, les Tortues Ninja profitent en effet de la sortie d'un nouveau film chez Paramount Pictures pour revenir sous la forme d'un reboot en bande dessinée.

Ici point point d'effets spéciaux gigantesques, les quatre tortues ainsi que tout le bestiaire d'ennemis habituel répondent présents, mais l'intrigue réserve quelques changements également, et prend plusieurs libertés sur la série originale. Après avoir subi un entraînement hors du commun, April O'Neil va accompagner les Tortues en mission. Alors qu'elle accompagne Donatello en mission dans une casse auto, elle y découvre un vaste complexe militaire ! Dans la deuxième histoire, le Clan du Foot va empoisonner Raphael. Les trois tortues rescapées vont devoir trouver un remède au plus vite ...