Atlus a annoncé qu'une fonctionnalité de Persona 2: Eternal Punishment permettra d'importer les sauvegardes du jeu Persona 2: Innocent Sin dans le jeu. Les statistiques, le level, la fusion des compétences, les commandes de conversation des monstres, ainsi que certaines cartes, seront ainsi transférables dans ce nouveau volet, et quelques scènes pourraient d'ailleurs changer avec cette sauvegarde appliquée.