Contrairement à la Wii U, il est actuellement impossible de jouer à des classiques Super Nintendo sur la Virtual Console de la 3DS. La mise à jour du firmware de la console annonce peut être un changement à venir puisque si vous accédez à la communauté Contra III : The Alien Wars via l'application 3DS Miiverse, on découvre que le jeu est encadré par un écran 3DS XL et non le GamePad.