Lorsque le gouvernement monte le Suicide Squad, une équipe de super-vilains dont le but est d'infiltrer l'asile d'Arkham afin de restituer des informations de très haute importance que le Sphinx a volées, Batman se retrouve très vite impliqué. Mais les choses vont de mal en pire dès lors qu'un membre du Squad (Harley Quinn) libère le Joker qui a tout ce qu'il faut pour faire exploser l'asile, mais aussi la majeure partie de la ville de Gotham.

Batman : Assaut sur Arkham est basé sur l'univers de la série Batman Arkham et se situe après l'épisode Origins. Les joueurs reconnaîtront donc assez facilement les lieux fréquentés par Batman, de même que les personnages modélisés pour cette licence. Les histoires entre les protagonistes principaux sont plus ou moins détaillées. Harley Quinn et Deadshot sont très présents dans l'intrigue, et le récit est un peu plus violent que les dessins animés traditionnels Batman. L'animation est par ailleurs de très grande qualité et d'une grande fluidité. Plusieurs easter eggs sont présents, et de multiples bonus sont présents (commentaires audios, scènes coupées, aperçus en avant-première, épisodes inédits).