Selon Famitsu, Pokémon Soleil et Lune se sont écoulés à 1.905.107 unités lors des trois premiers jours de commercialisation au Japon. C'est un léger recul par rapport à X et Y qui avaient atteint les 2.096.050 en première semaine, bien que les ventes digitales ne soient pas prises en compte. Il s'agit néanmoins du deuxième meilleur démarrage pour un jeu 3DS au Japon, et le neuvième plus fort démarrage de tous les temps.