Nintendo a dévoilé comment fonctionnent les jeux GameBoy Advance sur la 3DS. Et c'est exactement le même procédé que sur DS ou DS Lite. Ainsi, la 3DS ne se met en mode veille lorsque vous jouez à un titre GBA et que vous fermez la console, et il n'y a pas de fonctionnalité pour suspendre la partie et enregistrer le jeu là où vous l'avez laissé. En revanche, les jeux GBA comprendront toutefois un guide électronique complet.