Après l’enlèvement d'un sergent de l’Armée de l’Air qui gardait la porte des étoiles, le Général Hammond convoque le colonel Jack O'Neill pour comprendre d'où venait cette attaque. Ce dernier confesse que la porte n’a pas été détruite sur Abydos lors de sa dernière mission et que le Docteur Daniel Jackson est resté là-bas. O’Neill retourne sur Abydos, accompagné de ses vieux camarades Kawalsky et Ferretti, et du capitaine Samantha Carter, une astrophysicienne brillante au service de l’armée. Une fois sur place, Daniel Jackson les informe qu'il a trouvé une Salle des Cartes, qui confirme que la "Porte des Étoiles" peut transporter des personnes vers d'innombrables endroits dans toute la galaxie. Cependant, alors que Daniel fait visiter la salle, son épouse Sha're et son ami Skaara sont enlevés par les mêmes guerriers que ceux qui sont venus sur Terre. Daniel revient sur Terre pour participer à une mission de sauvetage sur la planète d'origine des attaques : Chulak.

Sur Chulak, un garde sépare les jeunes femmes d'un groupe de prisonniers Sha're en fait partie malgré les protestations de Skaara. Sur terre Jackson et O'Neill se remémorent leurs souvenirs de la première mission sur Abydos et discutent ensuite sur l'identitée du kidnappeur et arrivent à la conclusion que ce n'est pas Râ. Alors que sur Chulak un être parasitaire ayant l'apparence d'un serpent prend possession du corps de Sha're, le général Hammond créé les neuf premières équipes d'éxploration et lance le programme Porte des étoiles. Leur première mission sera d'aller sur Chulak.