Tim est un garçon de 7 ans dont la vie est complètement bouleversée lorsque son nouveau petit frère vient au monde. Non seulement, le bébé surgit de nulle part (et en taxi), mais le cadet n'est pas normal. Il porte un costume de patron et arbore fièrement une mallette et une montre. Tim se sent de plus en plus mis à l'écart, ses parents n'en ont plus que pour le bébé. Conscient que les choses ne tournent pas rond avec le nouveau membre de la famille, Tim mène l'enquête et découvre que ce dernier est en fait un espion envoyé par la compagnie Baby Corp, l'entreprise qui fabrique les petits et les livres aux parents. Sa mission est d'empêcher la société Puppy Co., où travaille les parents de Tim, de lancer une nouvelle race de chiens qui ne vieillit pas, et ainsi détourner l'amour des humains envers les bébés. Avec l'aide de Tim, Baby Boss va mettre en place une stratégie afin d'empêcher l'irréparable ...

Dès le début du film, les spectateurs sont plongés dans un univers où l'imaginaire règne en maître. Tim voit le monde à travers les yeux d'un enfant, et son quotidien est constitué d'aventures captivantes. Puis vient Baby Boss, un adulte avec un corps de bébé. Son air sérieux et sa dégaine de patron amusent beaucoup, sachant qu'il va lui avouer foule de mésaventures tout au long de l'intrigue. Bien sur, la rivalité de départ entre les deux frères va se dissiper et les répliques du films sont souvent hilarantes.