Il y a quelques mois, Batman a découvert qu'il a un fils, Damian, dont la mère n'être autre que Talia, la fille du terroriste international Ra's al Ghul. Avec son aide, le chevalier noir va mener une guerre sans merci contre Deathstroke et la Ligue des Ombres, tout en essayant d'enseigner à ce fils obstiné qu'on ne peut combattre le crime en devenant soi même un criminel. Désormais Damien Wayne (alias Robin) enquête sur des enfants disparus. Alors qu'il examine une scène de crime, une usine désaffectée de jouets qui appartenait à Winslow Schott (un tueur en série dont le fils Anton a repris les affaires). Alors qu'il attend Batman, Robin pénètre dans le bâtiment et découvre des enfants enfermés dans des cages. Il tombe nez à nez sur le Taxidermiste (qui n'est autre qu'Anton Schott) qui a capturé les enfants pour en faire des tueurs. Après une violent combat contre ce dernier, Robin rencontre l'Ergot (Talon), un personnage aux méthodes radicales. Il propose à Damien de laisser libre cours à son instinct de tueur.

Batman vs. Robin est basé sur le comics "La Cour des Hiboux" et fait suite au film d'animation Son of Batman. Le récit est un peu plus violent que dans les dessins animés traditionnels Batman, et se focalise essentiellement sur l'antagonisme entre Batman et Robin. L'animation est par ailleurs de très grande qualité et d'une grande fluidité. Plusieurs easter eggs sont présents, et plusieurs bonus sont intégrés sur le disque Blu-Ray de l'édition française (courts métrages sur les secrets de Gotham City et sur le talon des Hiboux, commentaires audio du réalisateur, quatre cartoons issus des archives DC Comics, mais aussi un aperçu de Justice League : Dieu et Monstres) mais cette version DVD est beaucoup moins riches en suppléments (uniquement la bande annonce d'Assaut sur Justice League). A noter qu'une édition spéciale (1 Blu-Ray + 1 DVD) est également commercialisée avec une figurine de collection en édition limitée.